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　植物の二次代謝物は複雑な構造をしたものが多い。構造式の表記は一般に平面構造式で表すが、これはごく便宜的なものにすぎず実体を正しく表すものではない。多くの二次代謝成分は複数の不斉中心（不斉炭素）をもっており、下にも示す(-)-Mentholでは３つある。ここでは主な二次代謝物の構造式を下のように三つの表記法で示した。このうち、三次元構造式をクリックすると別画面にジャンプし、マウスポイントを使って構造式を自由自在に動かすことができる（プラグインソフトが必要。本ページ末を参照）。

１．不斉炭素をもつモノテルペン誘導体

２．アルカロイド

３．強心配糖体

（注）　以上の３D構造式はwebアプリのMolviewが埋め込まれていますので、PCのマウスのカーソル操作（スマホ・タブレットではスワイプ）で自由自在に動かすことができます。3D構造式のサイズはマウスホイール（スマホ・タブレットではピンチイン・ピンチアウト）で適当に調節してください。