平戸天主堂は、平戸の観光名所の一つであり、観光葉書によく見られる寺院の白壁と寺院、そして場違いな天主堂の組み合わせが、妙に解け合っている。さすが、ポルトガルやオランダなどと交流のあった「平戸」であると感心？させられてしまう。
また、聖フランシスコ・ザビエルが３度も平戸を訪問したことを記念して、昭和４６年に本天主堂の前に聖フランシスコ・ザビエル像が建立されたために、別名「フランシスコ・ザビエル記念聖堂」とも言われている。
本天主堂は上神崎天主堂の巡回地であったが、昭和６（１９３１）年４月に完成・献堂とともに早坂司教によって設立された。現在は商工、交通などの中心地の一つであるため、平戸、松浦、北松浦地域の主管教会となっている。
本天主堂は主尖塔と複数の尖塔からなるゴシック様式を示しており、外壁は緑色に塗られ、周りの森林との統一、寺院の白壁との対比から考案されたものと思われる。平戸天主堂は全体的にゴシック風に統一されており、構造は鉄筋コンクリート造り、屋根構成は重層、平面形式は三廊式、内部立面構成は三層、天井構成はコウモリ（リブ・ヴォールト）天井、内部列柱は円柱、側面窓形式は尖塔アーチ、床は板敷きで椅子式となっている。
