伊王島は長崎湾に浮かび、船で３０分程度の島である。伊王島町は１島１町であり、小さい町の一つである。しかしながら、島民の６０％程度がカトリック信徒と言われ、カトリック信徒の比率は全国一と言われている。
この天主堂は馬込地区の小高い丘の上に立っており、白亜のゴシック様式の天主堂は海の安全を守るかのように、佇立している。明治４（１８７１）年に８坪の仮聖堂の建立から始まり、信徒の増加に伴い、明治２３年にゴシック様式の漆喰壁の天主堂を新築した。
その後、昭和６（１９３１）年に現在の鉄筋コンクリート造りの現在の天主堂が建設された。
この伊王島にはその他に、大名寺天主堂（聖パウロ）があり、明治１２年に建立された旧天主堂は初期天主堂（家御堂）の形態を残す貴重な文化財であるが、解体され、愛知県の明治村に移設され、保存されている。
構造は鉄筋コンクリート造り、屋根構成は単層、平面形式は三廊式、内部立面構成は二層、天井構成はコウモリ（リブヴォールト）天井、内部列柱は円柱、床は板敷きで、椅子式、側面窓形式は両開きの尖塔アーチ、そして尖塔を備えている。
