平戸市宝亀町の丘の中腹にある平戸第一の古い天主堂（教会）である。天主堂から見える海とそこに浮かぶ島々が広がり美しい。
明治１８年頃から天主堂があったらしいことが知られている。
現在の天主堂は、明治３１年３月１８日に完成し、献堂された。
翌３２年１月１９日に紐差教区から分離・独立し、山野・中野教会を含めて宝亀小教区として発足した。
正面はコンクリート造りまたは石造りのように見え、茶色い下地に、白い縁取りが行われている。一時期、全体を白塗りしていた時代もあったという話を聞く。しかし、実は煉瓦造りとなっている。
側面から見ると全体が木造であることが分かり、玄関正面のみが煉瓦造りとなっている。
玄関正面にバラ窓、その上に漢字で「天主堂」と書かれている。頭頂部に十字架が飾ってある。
屋根は単層構成、平面は三廊式、内部構成は２層となっている。天井はリブ・ヴォールト天井（コウモリ天井）、窓は尖頭アーチ、両側にアーケード（柱廊）を設置している。全体的にゴシック式の様式でまとめられている。
