佐世保市黒島町にある。九十九島（西海国立公園の一部）は、平戸島・田平から佐世保市まで点在していおり、その中で一番大きい島が「黒島」である。
黒島は縦２ｋｍ、横５ｋｍ程度の横に長い島である。
黒島は平戸藩の一部であるが、交通が不便なため、開放されていなかったが、弾圧を逃れた切支丹達が移住して、苦しい生活を続けながらも信仰を守り続けてきた。
元治２年の大浦天主堂での信徒発見は、黒島にいち早く伝わり、その２ヶ月後慶応元年５月に黒島の潜伏キリシタン（隠れ切支丹）２０名が大浦でプチジャン神父に会い、「カトリック」であることを確認した。天主堂は明治６年に出口大吉宅を仮聖堂とし、明治１３年に木造天主堂が新築された。
明治３３年フランス人マルマン師の時、着工され、明治３５年に完成し、クザン神父により献堂（祝別）された。
入り口その他は円形アーチで統一され、バラ窓を入り口上部に設置し、西洋城郭風な鐘楼兼塔屋を正面上部に設け、ロマネスクで統一している。また、祭壇側の外部は円形となっており、非常に県内では珍しい形態となっている。
煉瓦造り、屋根は重層構造、日本瓦葺き、平面は三廊式、内部立面は三層構造、天井はリブ・ヴォールト天井（コウモリ天井）、円形アーチ窓、床は板敷きとなっている。
