長崎県内には、五島地域以外にも多くの天主堂（教会）があり、初期天主堂から歴史的に重要な天主堂まであり、これまで紹介した以外の天主堂（教会）を紹介します。

　 長崎市、西彼杵半島、平戸・生月・黒島、五島列島に区分し、紹介します。なお、ここに紹介するのは木造、煉瓦造、石造を中心に紹介し、コンクリート造のものは意図的に除いています。

地　　　域	所在地	天主堂名
長崎市	長崎市	旧大浦天主堂
	長崎市	神の島天主堂
西彼杵半島	外海町	出津天主堂
	外海町	黒崎天主堂
	外海町	大野天主堂
平戸・生月・黒島	平戸市	宝亀天主堂
	平戸市	紐差天主堂
	平戸市	古江天主堂
	生月町	山田天主堂
	佐世保市	黒島天主堂
五島列島	上五島町	青砂ヶ浦天主堂
	奈良尾町	福見天主堂
	有川町	旧鯛ノ浦天主堂
	奈留町	江上天主堂
	岐宿町	水の浦天主堂